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    • Un atlas genómico nacional de Listeria que habita en el suelo revela los efectos de la selección y la ecología de poblaciones en la evolución del pangenoma

    Título Un atlas genómico nacional de Listeria que habita en el suelo revela los efectos de la selección y la ecología de poblaciones en la evolución del pangenoma
    Autores Jingqiu Liao, Xiaodong Guo, Daniel L. Weller, Shaul Pollak, Daniel H. Buckley, Martin Wiedmann, Otto X. Cordero
    Revista Naturaleza Microbiología
    Fecha 07/15/2021
    DOI 10.1038/s41564-021-00935-7
    Introducción Las poblaciones bacterianas en entornos naturales presentan una amplia diversidad genómica, debida en gran parte a cambios en el contenido génico por el intercambio de ADN con su entorno. Los factores ecológicos precisos que impulsan esta variación genómica y la influencia de la selección son temas de debate permanente. Este estudio aborda estas cuestiones mediante la compilación de un atlas nacional exhaustivo de 1.854 cepas de Listeria, aisladas sistemáticamente de suelos de todo el territorio contiguo de Estados Unidos. Se observó que Listeria ocupaba diversas condiciones ambientales, influidas principalmente por la humedad del suelo, el molibdeno y los niveles de salinidad. El análisis de los datos del genoma completo de 594 cepas representativas permitió clasificar la diversidad de Listeria en 12 filogrupos, cada uno de los cuales mostraba distintos rangos de hábitat y grados de endemismo. Los filogrupos con una amplia presencia ambiental, denominados "cosmopolitas", poseían pangenomas más amplios y presentaban un menor desequilibrio de ligamiento, lo que indicaba unas tasas elevadas de adquisición, pérdida y transferencia de alelos en comparación con los filogrupos adaptados a hábitats más reducidos. Estos filogrupos cosmopolitas también contenían una proporción significativa de genes afectados por la selección positiva. El impacto de la selección positiva fue particularmente evidente en el núcleo genómico específico del filogrupo, lo que sugiere que estos genes centrales son cruciales para la adaptación dentro de linajes específicos. Estos hallazgos demuestran que la adaptabilidad genómica y la recombinación son el resultado de presiones selectivas para la persistencia en entornos variados.
    Cita Jingqiu Liao, Xiaodong Guo y Daniel L. Weller et al. Nationwide genomic atlas of soil-dwelling Listeria reveals effects of selection and population ecology on pangenome evolution. Nat. Microbiol. 2021. DOI: 10.1038/s41564-021-00935-7
    Elemento Molibdeno (Mo) , Sodio (Na)
    Industria Agricultura , Investigación y laboratorio
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